Text

Variasi genetik padi varietas lokal Sumatera Selatan berdasarkan pendekatan polymerase chanin reaction-random amplified polymorphic DNA (PCR-RAPD)

---

Penilaian

---

Sumatera Selatan kaya akan plasma nutfah padi varietas lokal maupun unggul.
Keberadaan padi varietas lokal mulai terancam oleh padi varietas unggul. Hal ini
disebakan karena introduksi padi varietas unggul yang menyebabkan secara
berangsur-angsur padi varietas lokal ditinggalkan oleh petani. Padi varietas lokal
memiliki sifat-sifat yang tidak dimiliki padi varietas unggul yang tersimpan di
dalam gen. Di Indonesia penelitian yang mengkaji variasi genetik padi varietas
lokal Sumatera Selatan belum banyak dilakukan. Variasi genetik dalam kegiatan
pemuliaan tanaman merupakan hal yang penting sebagai informasi dasar dalam
melakukan pemuliaan tanaman. Penelitian bertujuan untuk mencari variasi
genetik 22 padi varietas lokal Sumatera Selatan metoda yang digunakan untuk
menentukan variasi genetik adalah menggunakan pendekatan molekuler PCRRAPD. Penelitian telah dilakukan pada bulan Agustus 2015 sampai Desember
2015. Penelitian isolasi DNA dan visualisasi dilakukan di Laboratorium
Mikrobiologi dan Laboratorium Genetika & Bioteknologi, Jurusan Biologi,
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sriwijaya dan
penelitian uji kualitas dan kuantitas DNA dan PCR-RAPD dilakukan di
Laboratorium Genetika dan Laboratorium Fasilitas Penelitian Bersama
(FALITMA) Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada. Didapatkan sebanyak 22
sampel padi varietas lokal Sumatera Selatan yang dikoleksi dari populasi daerah
Kabupaten Ogan Ilir, Kabupaten Muara Kelingi, Kabupaten Banyuasin,
Kabupaten Musi Rawas, Kabupaten Muara Enim, dan Kabupaten Ogan Komering
Ilir. Variasi genetik diidentifikasi dengan menggunakan teknik PCR-RAPD
dengan menggunakan 7 primer yaitu OPA 3, OPA 9, OPA 10, OPA 13, OPA 16,
OPA 19, dan OPB 8. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, semua primer
dapat menghasilkan pita polimorfik dengan total pita polimorfik 70 pita DNA
(100 bp-900 bp) 53,6%. Hal ini mengindikasikan adanya variasi genetik yang
tinggi. Primer yang paling banyak pita DNA polimorfik yaitu OPA-13, OPA-19,
dan OPB-8. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan, semua primer dapat
menghasilkan pita polimorfik dengan total pita polimorfik 70 fragmen DNA (100
ix
Universitas Sriwijaya
bp-900 bp) 53,6% dengan rata-rata setiap primer menghasilkan 10 pita DNA.
Didapatkan total 30 pita monomorfik dengan rata-rata setiap primer menghasilkan
4,3 pita monomorfik serta didapatkan juga total 40 pita polimorfik dengan ratarata setiap primer menghasilkan 5,7 pita polimorfik. Hal ini mengindikasikan
adanya variasi genetik yang tinggi. Primer OPA 3, OPA 13, dan OPA 19
menghasilkan pita DNA yang paling banyak yaitu masing-masing total 12 pita
DNA dimana OPA 3 menghasilkan 7 pita monomorfik dan 5 pita polimorfik
dengan presentase pita polimorfik (20 %), OPA 13 menghasilkan 1 pita
monomorfik dan 11 pita polimorfik dengan presentase polimorfik (91,7%), dan
OPA 19 menghasilkan 5 pita monomorfik dan 7 pita polimorfik dengan
presentase polimorfik (58,3 %). Primer yang paling banyak menghasilkan pita
polimorfik yaitu OPA 13, OPA 19, dan OPB 8 sedangkan yang paling sedikit
menghasilkan pita polimorfik yaitu OPA 9. Primer OPA 13 menghasilkan pita
polimorfik yang paling banyak yaitu 11 pita (91,7%) selanjutnya diurutan kedua
OPA 8 menghasilkan 7 pita polimorfik (63,6 %), urutan ketiga OPA 19
menghasilkan 7 pita polimorfik (58,3 %), urutan keempat OPA 10 menghasilkan
5 pita polimorfik (55,6 %), urutan kelima OPA 16 menghasilkan 4 pita polimorfik
(44,4 %), urutan keenam OPA 3 menghasilkan 5 pita polimorfik (41, 7 %), dan
urutan ketujuh OPA 9 menghasilkan 1 pita polimorfik (20 %). Pola pita hasil
amplifikasi menunjukkan terdapatnya variasi genetik di antara padi varietas lokal
Sumatera Selatan. Variasi genetik berdasarkan pola pita DNA hasil amplifikasi ini
dapat dijadikan dasar dalam proses penyusuan pemuliaan tanaman atau perakitan
varietas unggul. Selain itu didapatkan juga pita DNA spesifik pada primer OPA-3
(100 bp) aksesi Dayang Telasih, primer OPA-9 (375 bp) aksesi Dayang Kuning,
OPA-13 (700 bp) aksesi Panak/Pendek, dan OPA-16 (75 bp) aksesi Pegegan. Pita
DNA spesifik mengindikasikan terdapatnya sifat polimorfisme. Pita DNA spesifik
merupakan pita pada ukuran tertentu yang hanya terdapat pada satu aksesi
sedangkan yang lainnya tidak. Pita DNA spesifik dapat dijadikan karakter analisis
dan diagnosis yang dapat digunakan dalam program pemuliaan tanaman. Hasil
analisis kemiripan matrik koefisien kemiripan PCR-RAPD antara 22 aksesi
berdasarkan 40 pita DNA polimorfik yang teramplifikasi didapatkan nilai
koefisien similaritas dengan rentang nilai 0,68-0,97. Terdapat 2 kelompok besar
pada koefisien asosiasi 0,76 yaitu kelompok A dan B. Kelompok A terdiri dari
kelompok A1 dan A2 pada koefisien asosiasi 0,78 . Kelompok A1 terdiri dari
varietas Padi Pegagan, Padi Seluang, Padi Hitam, Padi Pamulan, Padi Jambat
Thehas, Padi Panjang, Padi Stik, Padi Dayang Telasih, Padi Meto Tomok, Padi
Dayang Kuning, dan Padi Dayang Rindu (DRMK Muara Kelingi). Kemudian
kelompok A2 terdiri dari Padi Ketan Itam, Padi Ketan Abang, Padi Ketan Putih,
dan Padi Pulut. Kelompok besar B terdiri dari 2 kelompok yaitu B1 dan B2 pada
koefisien asosiasi 0,84 dimana kelompok B1 terdiri dari Padi Beram, Padi Panak
atau Pendek, padi Dayang Rindu (DRLLG Lubuk Linggau), Padi Putih, Padi
Pengagat, dan Padi Talang sedangkan kelompok B2 hanya terdiri dari Padi
Sanapi.
Hasil analisis dendogram menunjukkan bahwa nama varietas padi yang sama
dengan tempat asal yang berbeda tidak menjamin bahwa padi tersebut memiliki
similaritas (kemiripan) yang sama atau tinggi. Hal ini dibuktikan oleh padi
varietas Dayang Rindu yaitu antara Padi Dayang Rindu yang terdapat di Muara
Kelingi dan Padi Dayang Rindu yang terdapat di Lubuk Linggau. Dari 22 aksesi
x
Universitas Sriwijaya
padi varietas lokal Sumatera Selatan didapatkan 21 variasi padi varietas lokal
Sumatera Selatan. Hal ini disebabkan karena aksesi padi Hitam dan Padi Pamulan
memiliki koefisien asosiasi 0,97%.

---

Availability

No copy data

Detail Information

Series Title

-

Call Number

Fik v 2016

Publisher

Inderalaya : ., 2016

Collation

xix, 48 hlm.:ilus.

Language

Indonesia

ISBN/ISSN

-

Classification

NONE

Content Type

-

Media Type

-

Carrier Type

-

Edition

-

Subject(s)

Variasi Genetik, Padi Varietas Lokal Sumatera Sela

Specific Detail Info

-

Statement of Responsibility

-

Other version/related

File Attachment

Comments

---

You must be logged in to post a comment